1. Oddelenie vied o neživej prírode
- Ústav experimentálnej fyziky SAV, v.v.i.
- Astronomický ústav SAV, v.v.i.
- Centrum pre využitie pokročilých materiálov SAV, v. v. i. (CEMEA)
- Matematický ústav SAV, v.v.i.
- Ústav geotechniky SAV, v.v.i.
- Ústav materiálov a mechaniky strojov SAV, v.v.i.
- Ústav hydrológie SAV, v.v.i.
- Fyzikálny ústav SAV, v.v.i.
- Elektrotechnický ústav SAV, v.v.i.
- Geografický ústav SAV, v.v.i.
- Ústav architektúry a stavebníctva SAV, v.v.i.
2. Oddelenie vied o živej prírode a chemických vedách
- Biomedicínske centrum SAV, v. v. i.
- Ústav ekológie lesa SAV, v. v. i.
- Ústav anorganickej chémie SAV, v. v. i
- Parazitologický ústav SAV, v. v. i.
- Ústav polymérov SAV, v. v. i.
- Chemický ústav SAV, v. v. i.
- Neuroimunologický ústav SAV, v. v. i.
- Centrum experimentálnej medicíny SAV, v. v. i.
- Centrum biovied SAV, v. v. i.
- Centrum biológie rastlín a biodiverzity SAV, v. v. i.
3. Oddelenie vied o spoločnosti a kultúre
- Centrum spoločenských a psychologických vied SAV, v. v. i.
- Ekonomický ústav SAV, v. v. i.
- Ústav výskumu sociálnej komunikácie SAV, v. v. i.
- Filozofický ústav SAV, v. v. i.
- Jazykovedný ústav Ľudovíta Štúra SAV, v. v. i.
- Slavistický ústav Jána Stanislava SAV, v. v. i.
- Ústav štátu a práva SAV, v. v. i.
- Ústav orientalistiky SAV, v. v. i.
- Ústav hudobnej vedy SAV, v. v. i.
- Sociologický ústav SAV, v. v. i.
- Ústav etnológie a sociálnej antropológie SAV, v. v. i.
- Ústav slovenskej literatúry SAV, v. v. i.
- Historický ústav SAV, v. v. i.